Висш ислямски институт предлага на студентите редовна и задочна форма на обучение. Учебните занятия за студентите редовно обучение се провеждат в дните от понеделник до петък. Занятията на студентите от задочно форма на обучение се провеждат по предварително определена схема.  Продължителността на обучението във Висш ислямски институт е осем семестъра.

Обучението включва следните организационни форми на обучение: лекции, семинари и занятия, упражнения, работа с текстове, подготовка и защита на курсови работи и бакалавърски тези, рамазански и педагогически стаж.

Студентите имат право да избират учебни дисциплини от избираемите и факултативните и да придобиват допълнителна квалификация, както и преподавателите при паралелно водене на учебни курсове. В института може да се организира и интензивен курс за изучаване на чужд език в самостоятелен семестър.

Обучението за образователно-квалификационна степен “бакалавър” завършва с академичен изпит или защита на бакалавърска теза. За академични изпити се определят три изпитни сесии в рамките на две години, като втората сесия е не по-късно от 6 месеца от първата.

Успешно завършилите петгодишния курс на обучение получават образователно-квалифиционна степен “бакалавър” и придобиват квалификация ислямски теолози.