Този център се изгражда и ще развива своята дейност в рамките на ВИИ и представлява негова единица. Дейността му е насочена главно към изучаване на различните тефсири, хадис, съвременните проблеми на ислямската история и култура в България. В бъдеще теренът на изследванията ще се разшири с оглед да се обхване целия Балкански полуостров.
Изследванията ще се организират съобразно научноизследователските планове и проекти, утвърдени от Научния съвет на центъра.
В реализирането на изследователските проекти ще участват, освен научнокадровият потенциял на ВИИ, и специално назначени научни сътрудници (изследователи) и временно привлечени научни работници от други учебни заведения срещу хонорар. В тях ще се включат и студенти.
Висшият ислямски институт предоставя добри условия за подготовка на висококвалифицирани ислямски теолози (ilahiyatcι) – ваизи и мюфтии, преподаватели по ислямските учебни дисциплини и научноизследователски кадри. Той се утвърждава като важен и единствен учебен и научноизследователски център на българските мюсюлмани.