За студенти в бакалавърска степен във ВИИ се приемат лица със завършено средно образование, не по-възрастни от 30 години за редовно обучение и 35 години за задочно следване. Приемането става съгласно Наредба за прием на студенти във ВИИ, утвърдена от Главния мюфтия.
Формите на обучение в института са редовна и задочна. Подготовката на студентите се провежда по учебни години и семестри. Тя включва следните организационни форми на обучение: лекции, семинари и занятия, упражнения, работа с текстове, подготовка и защита на курсови работи и дипломни работи, рамазански /през Свещения месец Рамазан/ и педагогически стаж.
Студентите имат право да избират учебни дисциплини от избираемите и факултативните и да придобиват допълнителна квалификация, както и преподавателите при паралелно водене на учебни курсове. В института може да се организират и интензивни курсове за изучаване на чужд език и компютърна грамотност.
Обучението за образователно-квалификационна степен “бакалавър” завършва с академичен изпит или защита на дипломна работа. За академични изпити се определят три изпитни сесии в рамките на две години, като втората сесия е не по-късно от 6 месеца от първата.
Успешно завършилите четиригодишния курс на обучение получават образователно-квалифиционна степен “бакалавър” и придобиват квалификация ислямски теолози.
Възпитаниците на ВИИ – София могат да работят като свещенослужители, т.е. като имами, ваизи и мюфтии. Паралелно с това те придобиват учителска правоспособност. Макар, че в правилниците не е фиксирано специално, випускниците на ВИИ могат да работят и като преводачи, журналисти и редактори в религиозните печатни издания.
Обучението във ВИИ е безплатно. На студентите редовно обучение им се осигурява безплатно общежитие и храна. Крайно нужадещите се подпомагат финансово от дарения и зекяти /десятък/.