Основната мисия на ВИИ е подготовка на мюсюлмански духовници за нуждите на мюсюлманската общност в страната ни, като мюфтии, проповедници /ваизи/ и учители по ислямска религия за основните и средните държавни училища, както и преподаватели по Основните ислямски дисциплини Коран-и Керим, ислямско вероучение, догматика, етика, история и философия в Общообразователните средни духовни училища. Възпитаниците на института могат да ръководят и курсове по Коран.